A animação missionária é um dos aspetos fundamentais de retaguarda do trabalho missionário da Província.
Na Madeira, logo nos primeiros anos do Colégio Missionário Sagrado Coração, foram criados Grupos Missionários em várias Paróquias, que, através da oração e da ajuda económica ajudavam a manter o Seminário as Missões em Moçambique.
No Continente, a animação missionário esteve inicialmente ligada ao Seminário Missionário Padre Dehon, na Boavista, Porto. Após a transferência do Seminário para Fânzeres, a animação missionária ficou confiada à Comunidade do Centro Dehoniano, que sucedeu ao Seminário da Boavista.
Porém, a necessidade de acompanhar mais de perto os diversos grupos missionários da zona do Porto, levou a Província a optar pela construção de uma nova obra nesta Diocese: o Centro de Espiritualidade Betânia. A 8 de março de 2002 foi oficialmente constituída a Comunidade de Betânia (Duas Igrejas, Paredes), com a incumbência de coordenar a animação dos Grupos Missionários e assumir o cuidado pastoral das Paróquias de Sobrosa, Duas Igrejas e Cristelo, cuja responsabilidade fora já confiada à Congregação a 27 de fevereiro de 2000. Nos anos seguintes procedeu-se à construção do Centro de Espiritualidade Betânia, inaugurado a 14 de setembro de 2003, vocacionado para funcionar como casa de retiros e encontros para grupos eclesiais.
A 29 de janeiro de 2012 foi confiado à Comunidade do Centro de Espiritualidade Betânia o cuidado pastoral da Paróquia de Besteiros. Em 2013 a coordenação da Juventude Dehoniana do Porto e nacional foi transferida do Centro Dehoniano para a Comunidade de Duas Igrejas.
Atualmente estão cargo da Comunidade do Centro de Espiritualidade Betânia as seguintes atividades: a animação espiritual do Centro, o trabalho pastoral nas 4 paróquias referidas, a animação missionária e a pastoral juvenil.