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Quando os primeiros alunos do Colégio Missionário terminaram o 5° ano, sentiu-se a necessidade de procurar no Continente uma nova casa para a continuação dos seus estudos. Coimbra foi a cidade escolhida. O Bispo da Diocese, D. Ernesto Sena de Oliveira, de origem madeirense, autorizou a fundação, em troca do nosso serviço à Diocese.

A 15 de dezembro de 1951, chegaram a Coimbra os primeiros Dehonianos, Pe. Mário Malagoli e o Pe. Ângelo Caminati, colaborando, o primeiro, na direção espiritual, no Seminário Maior e na Paróquia de Santa Cruz, e o segundo na Paróquia de Santo António dos Olivais.

A 4 de julho de 1952, chegou também o Pe. Gastão Canova, proveniente do Funchal, encarregado de preparar as instalações para a nova Comunidade e para o primeiro grupo de alunos do Colégio Missionário, que chegaram a Coimbra a 17 de agosto desse mesmo ano e ficaram provisoriamente instalados no rés-do-chão duma dependência do Seminário Maior da Diocese. Começava assim, no meio de grande pobreza e provações, o Instituto Missionário Sagrado Coração…

Em março do ano seguinte, o Instituto Missionário conheceu a sua primeira transferência, instalando-se numa casa alugada na Rua das Alpenduradas, enquanto os alunos continuavam a frequentar os estudos no Seminário Diocesano. Em setembro de 1954, a Congregação assumiu em Coimbra um novo campo de trabalho: o Colégio Luís de Camões, onde os padres Dehonianos, durante 9 anos, trabalharam na educação da juventude. Entretanto, o Instituto Missionário mudou, mais uma vez, de instalações, indo ocupar duas pequenas casas perto do Colégio, onde se manteve até 1956. Dado o aumento do número de seminaristas, a Comunidade teve de ser desmembrada: alguns padres continuaram no Colégio, outros instalaram-se, com os seminaristas, na “Vivenda Cepas”. Em 1959, depois de tanto peregrinar pela cidade dos estudantes, seminaristas e Comunidade religiosa, deram finalmente entrada na sede definitiva do Instituto Missionário Sagrado Coração, situada em Montes Claros.

Em 1962 deixou-se o Colégio Luís de Camões e abriu-se outra obra idêntica nos arredores de Coimbra: o Colégio São João, que funcionou apenas durante um ano.

Em 1963, alugou-se, em Águas Santas (Ermesinde-Porto), um edifício para onde foram transferidos os alunos do Colégio São João e, dois anos mais tarde, os seminaristas da Casa de Santa Maria (Quinta da Abelheira – Vale de Loures). Tinha, assim, início o Seminário Nossa Senhora de Fátima, destinado aos alunos do primeiro ciclo. Esta casa de Águas Santas funcionou apenas durante 5 anos.

Desde os primeiros anos da presença Dehoniana em Coimbra que se colabora na pastoral paroquial da Diocese. Foram diversas as paróquias que estiveram a cargo dos Dehonianos. Em 1997, a pedido do Bispo da Diocese, a Comunidade do Instituto Missionário Sagrado Coração assumiu a Reitoria de Conselhas. Durante muitos anos a Comunidade do Instituto Missionário prestou assistência a várias capelanias: Conchada, Loreto, Brinca, Ingote e Monte Formoso. A 22 de setembro de 2013 a Comunidade deixou de servir estas capelanias e assumiu a Paróquia de Nossa Senhora de Lurdes, na qual está sediado o Instituto Missionário.

Com a reorganização do percurso formativo dos seminaristas Dehonianos, a partir de 2010 o Instituto Missionário deixou de receber candidatos e foi adaptado a casa de retiros, encontros de formação laical e centro de divulgação da espiritualidade Dehoniana.