Em 1967, tornou-se possível constituir, em Lisboa, com outros Institutos Religiosos, um Centro de Estudos de Filosofia e Teologia, que os nossos estudantes passaram a frequentar, instalados provisoriamente numa casa emprestada, em Prior-o-Velho (Sacavém). Entretanto, decidia-se a construção de uma sede definitiva para o Seminário Maior, em Alfragide. A obra foi realizada sob a orientação do Pe João Baptista Carrara, ao tempo, Reitor da Igreja do Loreto. A 30 de Novembro de 1969, os estudantes de Filosofia e Teologia puderam instalar-se no novo edifício do Seminário de Nossa Senhora de Fátima.

Uma das condições postas pelo Cardeal Patriarca de Lisboa para abrirmos o Seminário de Nossa Senhora de Fátima, era a de assumirmos a futura Paróquia de Alfragide. Assim, ao entrar no novo seminário, o Instituto ficou com a responsabilidade pastoral da área geográfica circunstante.

No Seminário Nossa Senhora de Fátima vivem os jovens religiosos dehonianos que, após o noviciado, continuam a sua formação e preparação em ordem à Profissão Perpétua e à Ordenação Sacerdotal.