Após a abertura dos Seminários Menores no Funchal, em Coimbra, em Aveiro e no Porto, era necessário que os Dehonianos possuíssem um Seminário Maior, em Portugal, evitando que os estudantes de Filosofia e de Teologia tivessem de realizar os estudos em Bolonha ou em Roma, na Itália.
Em 1964, sendo Superior Regional o Pe. Battista Carrara, ficou decidida a construção do Seminário Maior e fizeram-se as necessárias diligências para encontrar o terreno mais apropriado. Enquanto isso, a partir de 1967 o Seminário Maior começou a funcionar numa casa provisória, em Prior-o-Velho, propriedade do Dr. Carvalho Neto, que a disponibilizou para esse efeito. Para lá se transferiram o Superior Provincial, a Comunidade formadora e os religiosos estudantes que frequentavam as aulas no Instituto Superior de Estudos Teológicos (ISET), em Lisboa. Por fim, a escolha do terreno recaiu numa propriedade situada no cimo de um pequeno monte, em Alfragide, nos arredores de Lisboa. As obras começaram no verão de 1967 e a inauguração do Seminário Nossa Senhora de Fátima deu-se a 29 de novembro de 1969. Ficava, assim, organizado todo o ciclo formativo dos candidatos da Congregação, em Portugal: Seminário Menor (ensino básico), no Funchal e no Porto; Seminário Médio (ensino secundário), em Coimbra; Noviciado, em Aveiro; Seminário Maior (estudos filosófico-teológicos), em Lisboa.
A partir de outubro de 1975, o ISET encerrou e os jovens religiosos passaram a frequentar as aulas na Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa, em Lisboa.
Com a entrada em funcionamento do Seminário Nossa Senhora de Fátima, Província assumiu, a pedido do Cardeal Patriarca de Lisboa, o cuidado pastoral da zona circundante. Inicialmente com poucos habitantes, tornou-se hoje, uma zona densamente povoada. A capela e algumas instalações do Seminário de Alfragide, estiveram, durante vários anos, ao serviço da Paróquia de Alfragide, criada em 1986, por desmembramento da Paróquia da Damaia. A nova igreja paroquial foi dedicada a 5 de outubro de 2010, por D. José Policarpo, Patriarca de Lisboa.