O Seminário Missionário Padre Dehon nasceu no Porto a 19 de outubro de 1958, mas tem as suas raízes em Aveiro, na Casa do Sagrado Coração, onde atualmente funciona o Noviciado da Congregação, em Portugal.
Em Aveiro, desde 1953, começaram a ser recebidos rapazes que desejavam consagrar-se a Deus na Vida Religiosa e Sacerdotal. O número dos candidatos foi aumentando rapidamente e a casa mostrava-se demasiada pequena e as condições de acolhimento dos seminaristas eram bastante precárias.
A 19 de outubro de 1958 o Seminário Missionário Padre Dehon começou por funcionar nas instalações adaptadas da creche da “fábrica dos ingleses” (Sociedade William Graham), pertencente aos senhor Julian Leacock, que já era benfeitor do Colégio Missionário, no Funchal. Foi este homem que acabou por oferecer aos “bandidos de Deus” (nome carinhoso pelo qual ele tratava os padres Dehonianos) o edifício e o recreio anexo, a 17 de outubro de 1961. Em fevereiro de 1959 os seminaristas que estavam em Aveiro foram transferidos para este novo seminário. Em 1961 começaram as obras de ampliação do Seminário que, com o passar do tempo, voltou a ser novamente exíguo para o bom cumprimento da sua missão. Depois de aturadas buscas, a Congregação comprou a Quinta da Portelinha, em Fânzeres (Gondomar), e aí iniciaram-se as obras de construção do novo e moderno edifício do Seminário Missionário Padre Dehon. Em outubro de 1968 entraram no novo edifício os primeiros alunos transferidos do Seminário Nossa Senhora de Fátima, em Águas Santas (Ermesinde), e os do 1º ciclo do Seminário da Boavista. Mais tarde, em 1971, para lá se transferiram também os restantes seminaristas que estavam na Boavista. O novo Seminário Missionário Padre Dehon foi inaugurado e benzido por D. António Ferreira Gomes, Bispo do Porto, a 4 de julho de 1971, coincidindo com a Ordenação Presbiteral de quatro religiosos Dehonianos.
Para além da formação dos seminaristas e da pastoral vocacional, a Comunidade do Seminário Missionário Padre Dehon tem a seu cargo a Obra ABC e presta um valioso contributo pastoral às paróquias, capelanias e comunidades religiosas vizinhas. Desde 21 de setembro de 2008 que a Paróquia de Fânzeres, onde se situa o Seminário, está confiada a um dos membros da Comunidade do Seminário.
Tal como o Colégio Missionário, o Seminário Missionário Padre Dehon passou por diversas fases no modo de funcionar como Seminário Menor. Inicialmente os seminaristas entravam para o atual 5.º ano do Ensino Básico. A meados dos anos 80 passaram a entrar para o 7.º ano. A partir de 2010 os seminaristas deixaram de ir para o Instituto Missionário, em Coimbra (onde funcionava o Ensino Secundário), e o Seminário Missionário Padre Dehon passou a acolher apenas os seminaristas do Ensino Secundário.